Οπως είπε «αν η βάπτιση γίνεται στη μικρή ηλικία των παιδιών, είναι διότι μέσα στην Εκκλησία είχε δημιουργηθεί η αίσθηση ότι το παιδί μεγαλώνει μέσα σε ένα περιβάλλον χριστιανικών αρχών. Επομένως δεν χρειαζόταν κατήχηση, γιατί γινόταν εντός του περιβάλλοντος. Τώρα που αλλάζουν τα πράγματα, δεν είμαστε κατά των παιδιών. Τα παιδιά τα αγαπάμε και νοιαζόμαστε περισσότερο απ’ όλους τους άλλους. Η Εκκλησία θα περιμένει αυτά τα παιδιά να φτάσουν σε μία ηλικία και όταν μεγαλώσουν και επιθυμούν να βαπτιστούν, θα βαπτιστούν».
Ο Αρχιεπίσκοπος επεσήμανε σε άλλο σημείο πως η «ελευθερία στον άνθρωπο είναι πολύ σπουδαίο πράγμα, κι αυτό πρέπει να το λαμβάνουμε όλοι υπόψη. Και η Εκκλησία, αλλά και η Πολιτεία. Ούτε η Εκκλησία πρέπει να έχει την ξιφολόγχη έτοιμη, αλλά ούτε και η Πολιτεία να θέλει να βάλει δεσμά σε οποιοδήποτε χώρο μέσα στην πατρίδα μας».
Το αν πρέπει να βαπτίζονται ή όχι τα παιδιά ομόφυλων ζευγαριών, προκαλεί μεγάλη αναστάτωση στους κόλπους της Ιεραρχίας με πολλούς ιεράρχες να υιοθετούν σκληρή γραμμή και με κάποιους να εμφανίζονται πιο ανοικτοί.
Σύμφωνα με τον κ. Χρυσόστομο «η μη βάπτιση των συγκεκριμένων παιδιών αποτελεί ιδιάζον κανονικό επιτίμιο σε αυτά επειδή υιοθετήθηκαν από ομόφυλα ζευγάρια τα οποία αμαρτάνουν. Η συμφωνία του παρισταμένου Αρχιεπισκόπου Αμερικής στο ίδιο θέμα αναιρείται από την έμπρακτη ενέργειά του, της βάπτισης δηλαδή νηπίων παιδιών υιοθετημένων από ομόφυλα ζευγάρια, στη Γλυφάδα».
Σε πρόσφατη συνέντευξή του ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας είχε επισημάνει ότι «κανένας δεν μπορεί να αποκλειστεί από το μυστήριο του βαπτίσματος. Το πρόβλημα για την Εκκλησία δεν είναι να εκδικηθεί αυτούς οι οποίοι κάνουν αυτή τη μορφή γάμου που επιλέγουν. Το θέμα για την Εκκλησία είναι ότι δεν μπορεί να αποδεχθεί μια τέτοια μορφή σχέσεως, γαμικής έξω από τον παραδοσιακό γάμο».
Ο Μητροπολίτης Δημητριάδος, Ιγνάτιος πρόσφατα ανέφερε «η Εκκλησία ποτέ δεν θα αρνηθεί να βαπτίσει παιδιά, να βαφτίσει ανθρώπους».
Την ίδια στιγμή, ο Μητροπολίτης Μαρωνείας και Κομοτηνής, Παντελεήμων, είχε πει (ΑΝΤ1) «αυτή η συγχώρεση, η κατανόηση, η αγάπη, για εμάς στην Εκκλησία είναι στάση ζωής. Η Εκκλησία δεν είναι ποτέ τιμωρητική. Ο κανόνας στην Εκκλησία γίνεται παιδαγωγία και όχι τιμωρία».